Ngày 20 tháng 9 năm 2002, Blizzard Entertainment đã công bố quá trình phát triển của StarCraft: Ghost cùng với đồng nghiệp là công ty game Nihilistic Software.[16] Nihilistic đã nhắm đến việc phát hành trò chơi cho các hệ máy console Xbox, PlayStation 2 và Nintendo GameCube vào cuối năm 2003, làm dấy lên những phản ứng tích cực từ giới báo chí.[17] Trò chơi vẫn tiếp tục bị trì hoãn, và trong suốt quý III năm 2004, Nihilistic đã ngưng công việc của họ vào dự án này.[18] Blizzard nói rằng Nihilistic đã hoàn thành công việc theo đúng như hợp đồng được ký kết, và tựa game sẽ được bàn giao trong thời gian này.[19]

Vào tháng 7 năm 2004, Blizzard Entertainment đã bắt đầu hợp tác với Swingin' Ape Studios thực hiện trò chơi,[20] và mua lại công ty này vào tháng 5 năm 2005.[21] Bất chấp lời dự đoán về game được đưa ra bởi cánh nhà báo ngành công nghiệp,[22][23] Ghost lại trì hoãn một lần nữa và ngày phát hành bị dời lại đến tận tháng 9 năm 2005. Tại Electronic Entertainment Expo 2005, Ghost đã chính thức tái công bố,[24] nhưng phiên bản GameCube đã bị Swingin' Ape Studios hủy bỏ do thiếu sự hỗ trợ trực tuyến của hệ máy này.[25] Ngày phát hành của trò chơi một lần nữa lại bị trì hoãn cho đến năm 2006. Bất chấp những nỗ lực của Swingin' Ape, Ghost đã thất bại trong việc thực hiện hóa theo như dự kiến, và vào tháng 3 năm 2006 Blizzard Entertainment đã công bố sự hoãn vô thời hạn quá trình phát triển của Ghost trong khi công ty khai thác lựa chọn mới với thế hệ thứ bảy mới nổi của hệ máy console.[26] Dù có lịch sử phát triển lâu dài, IGN lưu ý rằng khái niệm của Ghost vẫn giữ lời hứa hẹn.[27] Dù quá trình phát triển của trò chơi đã bị đình chỉ, cuốn tiểu thuyết StarCraft Ghost: Nova của Keith R. A. DeCandido đã được xuất bản vài tháng sau đó trong tháng 11 năm 2006.[28]

Nhằm bổ sung cho quá trinh thực hiện trò chơi của Nihilistic và Swingin Ape Studio, nhóm dựng phim của Blizzard—ban đầu được thành lập để phát triển các đoạn phim cắt cảnh của StarCraft[29]—đã tạo ra những đoạn phim cắt cảnh cho phần chiến dịch chơi đơn của Ghost, vốn là một phần không thể thiếu cho toàn bộ cốt truyện của game. Nhóm này thoạt đầu chỉ gồm có sáu người, sau tăng đến 25 người và sử dụng phần cứng, phần mềm, kỹ thuật dựng phim mới nhất để tạo ra những đoạn phim cắt cảnh chất lượng cao hơn so với những đoạn phim cắt cảnh có trong StarCraft và Brood War.[30] Trailer của trò chơi, bao gồm các cảnh quay của nhóm làm phim, được phát hành vào tháng 8 năm 2005.[31]

Kể từ khi quá trình sản xuất của Ghost bị dừng lại, Blizzard Entertainment đã không thường xuyên phát hành các thông tin về tựa game này. Nhân vật chính của trò chơi là Nova có mặt trong một màn chiến dịch của StarCraft II: Wings of Liberty, mà người chơi được cung cấp tùy chọn theo về phía cô ấy hoặc chiến đấu chống lại lực lượng của mình. Cô cũng xuất hiện trong StarCraft II: Heart of the Swarm. Metzen nói thêm rằng ông tin là Ghost sở hữu một cốt truyện tuyệt vời có thể được kể trong các cuốn tiểu thuyết tương lai từ sau tác phẩm Nova của DeCandido.[32] Tháng 6 năm 2007, Rob Pardo, một trong những nhà phát triển chính tại Blizzard Entertainment đã cho thấy hãng vẫn còn sự quan tâm đến việc hoàn thành Ghost.[33] Sau đó trong một cuộc phỏng vấn, Pardo nói rằng Blizzard đã "bướng bỉnh" trong việc kiên trì với Ghost nhưng họ "đã không thể thực hiện [game] ở cấp độ mà chúng tôi muốn".[34] Chủ tịch của Blizzard Mike Morhaime và Pardo đã trình bày về lịch sử của công ty tại Hội nghị thượng đỉnh D.I.C.E. vào tháng 2 năm 2008. Trong bài phát biểu, họ đã liệt danh sách các game bị hủy bỏ bởi Blizzard không bao gồm cả Ghost trong đó. Khi được hỏi về điều này, đồng sáng lập của Blizzard Frank Pearce giải thích rằng tựa game này chẳng bao giờ "bị hủy bỏ về mặt kỹ thuật" và rằng nó không nằm trong tâm điểm của công ty vào lúc này do tổng số nguồn nhân lực phát triển có hạn.[35] Morhaime sau này còn cho biết thêm là chính sự thành công bất ngờ của World of Warcraft và sự phát triển đồng thời của StarCraft II đã tiêu tốn nguồn nhân lực của Blizzard, dẫn tới Ghost bị xếp xó.[36] Bất chấp sự thông báo của Blizzard, nhiều nhà báo ngành công nghiệp game giờ đã xếp Ghost khi bị hủy bỏ và coi nó như là vaporware; trò chơi đứng thứ năm tại Giải thưởng Vaporware thường niên trong ấn bản năm 2005 của tạp chí Wired News‍.[37][38][39]

Ngày 23 tháng 9 năm 2014 trong một cuộc phỏng vấn với Polygon về việc hủy bỏ dòng đời tiếp theo của Blizzard MMO Titan, Mike Morhaime đã xác nhận rằng StarCraft: Ghost cũng bị hủy bỏ. "Thật là khó khăn khi chúng tôi hủy bỏ Warcraft Adventures. Thật khó xử khi chúng tôi hủy bỏ StarCraft: Ghost," ông nói. "Nhưng nó luôn dẫn đến tác phẩm chất lượng tốt hơn."[40]